سال‌های آغازین قرن شانزدهم نقطه‌ی عطفی در تاریخ جهان بشمار می‌رود. ابتدای این قرن با رویداد فتح استانبول توسط ترکان عثمانی و فتح آمریکا ۱۹۴۲ نشان‌گر آغاز دورانی جدید در تاریخ مشرق‌زمین بود. در این دوره ملل اسلامی شرق نزدیک پس از چند سده توانستند بر خرابه‌های به‌جامانده از تهاجمات پی‌درپی اقوام وحشی مغول و تاتار امپراتوری‌های عظیمی مثل عثمانی، صفوی و گورکانیان را بنیان نهند. اما از جانب دیگر جهان این‌ دوران با پدیده جدیدی به نام استعمار مواجه گردید. که از طرف دولت‌های آزمند غربی اعمال می‌گردید.

بلوچستان در این دوره مثل اکثر ملل شرقی از یک طرف درگیر مشکلات و مصایب بوجود آمده در پی استیلاءِ مغول و تاتار بر نواحی آباد همسایه خراسان و کرمان بود. و از سوی دیگر با شکل‌گیری امپراتوری‌های مقتدر صفوی در غرب و گورکانی در شرق و یورش‌های استعماری دول غربی از جنوب بود.

بلوچستان بعد از حملات مغولان و یورش تیموریان بصورت مأمن آوارگانی در آمده بود که از بیم غارتگری مغولان به نواحی کوهستانی آن سوی بیابان لوت پناه آورده بودند؛ نظیر قبایل غز که از کرمان به داخل مکران و تا حدود لاشار، مگس، سب و سوران، بگ و اطراف بمپور تا کیچ و بلیده اسکان یافتند. پس از این موج آوارگان، نوبت به دسته‌ای دیگر از قبایل بلوچ بود که از خراسان به داخل بلوچستان کوچیدند. حتی گروهی از مغولان شورشی موسوم به نکودری وارد بلوچستان گردیدند.

گروه‌های تازه وارد اندک زمانی پس از ورود به بلوچستان برسر تصاحب منابع و مراتع با یک‌دیگر به رقابت و نزاع برخواستند. که این نبردها دست‌مایه اشعار و منظرهای کلاسیک بلوچی شده‌اند. بزرگ‌ترین

نبرد جنگ‌های طوایف رند و لاشاری به رهبری میر‌چاکر و گوهرام بود. در مرحله اول این جنگ‌ها اتحادیه طوایف رند از لاشاری‌ها و متحدان آن‌ها شکست می‌خوردند (۱۴۶۷). قبایل رند به ناچار از بلوچستان هزیمت نموده و به قندهار رفته و پناهنده سلطان حسین بایقرا نواده تیمور شدند. و در نبردهای سلطان وی را مدد نمودند. سلطان حسین به پاس خدمات میرچاکر سردار رندها سپاهی را به سرکردگی سپه‌سالار زنون بیگ ارغون روانه بلوچستان نمود. سپاه ترک و تاتار با همراهی و هم‌دستی رندان موفق شدند قوای لاشاری‌ها را درهم بکوبند و لاشاری‌های متفرق شده گروهی به بلوچستان غربی عزیمت کرد و دسته‌ای دیگر راه سند را در پیش گرفت. پس از این پیروزی طوایف رند به مدد اتحاد با دولت گورکانی بر کل بلوچستان حکمرانی کردند. و میرچاکی حتی تا حدود پنجاب و ملتان را متصرف شد. اما چاکر در بلوچستان اقامت نکرد بلکه به ملتان رفت و از آنجا بر متصرفات خویش حکمرانی کرد. این مسأله باعث گردید بعدها طوایف رند ازمکران و شمال بلوچستان رانده شدند و فقط به بلوچستان شرقی و نواحی کوهستانی شمال شرقی و کوهپایه های سلیمان محدود شوند. و با مهاجرت جمعی دیگر قبایل مکرانی به نواحی شرقی اقلیتی قابل ملاحضه را در نواحی سند وپنجاب تشکیل دهند.

اندک زمانی از تسلط طوایف رند بر بلوچستان نگذشته بود که سلطان حسین بایقرا درگذشت (۱۵۰۵) و با این واقعه طوایف رند متحد بزرگی را از دست دادند. سه سال قبل از ان نیز شاه اسماعیل صفوی توانسته بود تبریز را تصرف نموده و سلسله شیعه صفوی را تاسیس نماید و در حال بسط سلطه خود بر سایر نواحی ایران بود.

شاه اسماعیل پس از برسر گذاردن تاج شاهی به جای ردای تصوف اقدام به فتح نواحی ایران نمود و با فتح فارس و عراق عجم ، مازنداران ، یزد و ابر قو، ارامسازی سرحد غربی و الحاق دیار بکر ، فتح عراق عرب و جنوبغربی ایران بسوی خراسان روانه شد.

هم‌زمان با این تحولات محمدخان شیبانی ازبک در ماورالنهر قدرت یافته و با پیشروی به سوی خراسان و جنوب توانست بازماندگان سلطان حسین را شکست داده و هرات را متصرف شود (۱۵۰۷ م). پس از تصرف پایتخت تیموریان خاندان مغول ارغون که بر قندهار حاکم بودند در سال ۱۵۰۸ م از خان ازبک اطاعت نمودند و بدین ترتیب تمامی خراسان بزرگ از ماورالنهر و خوارزم در شمال تا قندهار در جنوب تحت سلطه ازبکیه درامد. از طرف دیگر شاه اسماعیل صفوی نیزدر پی استیلا بر خراسان با قوای شیبک خان ازبک رودررو شد که در این سلسله جنگ‌ها شیبک خان شکست یافت و شاه اسماعیل پس از سپری شدن ۱۰ده سال از زمان بر تخت نشستن در تبریز برکل ایران آن روزگار مسلط گردید.

اسماعیل با شکست شیبانی‌خان ازبک بر خراسان مسلط شد. و با فتح قندهار شاه شجاع بیگ زنون ارغون والی قندهار را نیز در محبس هرات زندانی کرد. پس از این وقایع طولی نکشیده بود که با تعصب مذهبی نیروهای صفوی و کشتار مردم هرات و قتل حافظ زین‌الدین مفتی بزرگ اهل سنت در آن روزگار باعث شورش مردم خراسان شد. پس از این شورش‌ها شجاع بیگ زنون از محبس گریخت و به قندهار رفت (۱۵۱۲). شاه اسماعیل که در مشهد بود امر به کشتارمردم کرد و شهرخ افشار را با سپاهی روانه قندهار نمود تا شجاع بیگ را معدوم و قندهار را مسخر نماید. اما این سپاه از فتح قندهار عاجز آمد. و در عوض به مستونگ از شهرهای شمالی بلوچستان حمله برد و مردم بی‌گناه را کشتار نمود.

شاه اسماعیل علی‌رغم تسلط بر بیشتر سرزمین‌های ایرانی عملاً نتوانست در مکران کاری از پیش ببرد. و اولین و تنها رودر‌رویی صفویان با بلوچ‌ها همان واقعه مستونگ بود. در این اثنای زد‌و خوردهایی بین نیروهای بحری پرتقال به رهبری دون الفرنسو البوکرک و نیروهای صفویه در هرمز به وقوع پیوست که موجب شکست نیروهای ایرانی و تسلط قوای پرتقال بر سواحل جنوبی ایران شده. اما شاه اسماعیل با مغتنم شمردن فرصت و در قراری که بین قوای پرتغال و شاه ایران منعقد گردید.

سرکوب مکران را به پرتغالی‌ها وا گذاشت. بندهای این قرارداد بدین شرح است:

۱- قوای پرتغال در حمله ایران به قطیف و جزیره ایران را مدد خواهد کرد.

۲- قوای پرتغال امنیت سواحل جنوبی مکران را به عهده گرفته و هرگونه شورشی را سرکوب می‌نماید.

۳- در جنگ پادشاهی پرتغال با عثمانی ایران جانب پادشاه پرتغال را خواهد گرفت.

متعاقب این قرارداد نیروهای پرتغالی به گواتر حمله کردند (۱۵۰۸) و پس از آن طیس را متصرف و به عنوان پایگاه خود در آوردند. شاه اسماعیل عاقبت در (۱۵۲۵) مرد و جانشینان وی تا شاه عباس اول هیچ‌کدام نتوانستند در بلوچستان کاری را از پیش ببرند. و واقعه خاص به جز چند مورد لشکر کشی جزیی در روابط بلوچستان و صفویان به وقوع نپیوست. اما در خلال این سال‌ها (۱۵۱۲- ۱۶۰۴) حوادث مهمی در شرق بلوچستان در هند رخ داده بود. دولت گورکانی افغانستان که از طرف دو دولت بزرگ در غرب صفویه و در شمال شیبانیان مواجه شده بود و قلمرویشان فقط به نواحی کابل و اطراف ان محدود شده بود توسط بابر به هند حمله کرد و دهلی را متصرف شد. (۱۵۲۵) و خود بابر گورکانی چند سال بعد در (۱۵۲۹) در زمان سلطنت شاه طهماسب صفوی فوت نمود. پسر و جانشین بابر همایون شاه گورکانی در سن ۲۴ سالگی پادشاه هند شد. که با مخالفت‌ها و شورش‌هایی هماز طرف برادرانش کامران میرزا والی قندهار و هم از سوی بازماندگان حکام افغانی هند مواجه شده که توان غلبه بر همه‌ی آن‌ها را نداشت.

از همه مهم‌تر کامران میرزا که حکومت کابل و قندهار را در دست داشت و بر علیه همایون به هند لشکر کشید و لاهور را اشغال کرد همایون هم برای دفع الوقت حکومت ولایات جنوب هندوکش و پنجاب را بدون منازعه به او وا گذاشت. همایون در سال ۱۵۳۸ با مخالفت برادر دیگر خود میرزا هندال مواجه شد. هندال نه تنها در اگره اعلام استقلال کرد بلکه دهلی را هم محاصره کرد و کامران هم در این جنگ شرکت کرد. همایون متعاقباً با حریف زبردست دیگری بنام شیر‌شاه سوری مقابل گردید. شیر‌شاه توانست در سال ۱۵۳۹ همایون را در « بهرجیپور » و در سال دیگر ۱۵۴۰ در ساحل گنگ به سختی درهم کوبید.

همایون بعد از این شکست از راه سند، بلوچستان ، گرمسیر و سیستان به هرات رفت تا از دولت صفوی به قصد اعاده پادشاهی استمداد نماید. شاه طهماسب نیز با روانه نمودن ده هزار قزلباش همایون را مدد نمود.

همایون در سال ۱۵۴۴ به هند برگشت و با قوای همراه که از شاه ایران دریافت نموده بود و با همراهی فبایل بلوچ که که در اقلیم پنجاب برعلیه شیر شاه سوری شوریده بودند وارد جنگ با غاصبین سلطنت شد و در جنگ‌های بین او و برادرانش و دولت افغانی هند که بمدت ۱۵ سال ادامه داشت. دراین بین با همراهی و فداکاری قبایل بلوچ علی الخصوص فرزندان ملک سهراب دوداهی و قبیله رند و همراهی قوای قزلباشیه همایون توانست تاج و تخت غصب شده را بار دیگر مسترد دارد. و از این پس قبایل بلوچ جزءخواص شاهان مغولی هند قرار گرفتند. و عملا” فرزندان ملک سهراب بر تمامی نواحی پنجاب مسلط شدند و حتی تا امروزه نیز نواحی وسیعی درایالت‌های پنجاب و سرحد به نام پسران وی نام‌گذاری شده است مثل دره غازیخان در ایالت پنجاب که از نام غازیخان پسر ملک سهراب و منطقه دره اسماعیل خان از نام فرزند دیگر وی اسماعیل خان گرفته شده است.

تا قبل از شاه عباس حکام صفوی هیچ‌گونه تسلطی بر مکران نداشتند و مکران بیش‌تر به صورت مستقل از ایران و هند بود، اگر‌چه بعضاً حملاتی از سوی ایران به نواحی بلوچی انجام می‌شد. اما این یورش‌ها بیشتر حالت غارت و چپاول‌گری بود تا سلطه و حاکمیت پادشاهی ایران این روند بعد از حکومت شاه عباس و اصلاحات اداری و سیاسی که وی انجام داد و شکست ازبکان و عثمانی‌ها و برقراری ثبات در کشور وی متوجه جنوب‌شرق و جنوب شد که در جبهه جنوب توانست پرتقالی‌ها را در خلیج فارس شکست دهد. و توسط گنج‌علی‌خان حاکم کرمان عملیاتی را در درون سرزمین‌های بلوچی به انجام برساند و قلعه ابن فهل (بمپور) را متصرف و تا کیچ در مرکز بلوچستان پیشروی کند.

از این زمان به بعد بلوچستان عملاً بین دو امپراتوری گورکانی در شرق و امپراتوری صفوی در غرب تقسیم شد، خط مرزی از دهکده اورماره در بین گوادرو کراچی تا مستونگ در شمال امتداد می‌یافت (۱۰۲۳ ﻫ. ‌ق- ۱۶۰۴). پس از گذشت ۸ سال بار دیگر ملک میرزا از بستگان ملک شمس‌الدین حاکم شکست خورده بمپور به عنوان والی مکران انتخاب شد. و بار دیگر حکومت بلوچستان زیر نظر بلوچ‌ها در آمد.

بعد از این فتح عملاً دولت صفوی کار آن‌چنانی در بلوچستان نداشت. و ملک میرزا طریق بندگی در پیش گرفته و حتی در لشکرکشی شاه ایران به بغداد همراه با فوجی از تفنگ‌چیان بلوچ وی سپاه ایران را یاری رساند. این ماه عسل چندی نپایید که بار دیگر ملک میرزا نیز در سنه۱۰۳۰ هجری قمری سر از اطاعت شاه ایران پیچید که با اعزام ملک حمزه سیستانی فرزند ملک جلال الدین خان سیستانی به اقلیم مکران از سوی دربار ایران ملک میرزا به قزوین دارالحکومه صفوی رسیده و با پرداخت خراج و وساطت حاکم دارالامان کرمان وقورچی باشی شاه ایران را راضی و از جنگ دوباره جلوگیری کرد. پس از این وقایع اتفاق دیگری در رابطه با دربار ایران روی نداد.

با تهاجمات صفویه به مکران وتضعیف قوای ملک‌ها که روزگاری از میری در کیچ تا بمپور در غرب را تحت سلطه داشتند. گروه دیگری از بین ملوک الطوایف بلوچستان ظهور نمود که به واسطه خواستگاه شان به بلیده ای موسوم گردیدند و ابوسعید بلیده‌ای توانست از ضعف ملوک استفاده برده و با شکست ملک میرزا در بمپور کل بلوچستان را از زیر یوغ صفویه برهاند.

از شاه عباس چهار پادشاه از سال ۱۶۳۹- ۱۷۲۲ روی کار آمدند. اما عملاً بلوچستان به صورت مستقل اداره می‌شد. و فرمان شاهی در مکران و بلوچستان اجرا نمی‌شد.

و نه تنها صفویان تسلطی بر بلوچستان نداشتند بلکه این بلوچ‌ها بودند که با حملات گاه و بیگاه خود بر نواحی مرکزی باعث هرج و مرج می‌شدند. در زمان سلطان حسین به دنبال ضعف دولت صفوی بلوچ‌ها لشکرکشی گسترده‌ای را به ایران سازمان دادند و کرمان را متصرف شدند؛ دسته‌ای تا یزد را غارت و تاراج کردند. و دسته‌ای دیگر راه جنوب را در پیش گرفتند و در نواحی ساحلی جنوب بندر گمبرون را تقریباً بدون مقاومت تصرف کردند و تا لارستان پیش رفتند. (۱۶۹۹).

شاه پس از این واقعه به شدت مشوّش شده و گرگین یازدهم پادشاه گرجستان و کارتیل را مأمور دفع شورش کرد اما وی که آرزومند بازگشت به کارتیل بود، نپذیرفت عاقبت شاه در مجلس بزم امراء کرد که وی به کرمان برود. و چون سر هر دو از باده گرم بود، گرگین‌خان قبول کرد. بعد از آن گرگین از طرف شاه به حکومت کرمان منصوب و تدارکات جنگ را فراهم کرد. او در نوامبر ۱۶۹۹ برادر خود لئون را با لشکری از گرجی‌ها را برای سرکوبی دشمن اعزام کرد. لئون ظرف ۲۰ روز به کرمان رسید و در نخستین جنگی که بین بلوچ‌ها و گرجی‌ها در گرفت بلوچ‌ها شکست خوردند.

خود گرگین با جمع دیگر از گرجی‌ها در ماه مه ۱۷۰۰ به کمک برادر شتافت و در جنگ سختی که روی داد گرگین‌خان بلوچ‌ها را شکست داد. و تلفات سنگینی بر آن‌ها وارد کرد. گرگین بعد از این پیروزی سر یاغیان بلوچ را به اصفهان فرستاد؛ شاه حسین ثروت زیادی را به پاداش خدمتی که لئون کرده بود به او بخشید و منصب دیوان بیگی اصفهان را به وی تفویض کرد. و چون با وجود شکست بلوچ‌ها باز هم طغیان آن‌ها از بین نرفته بود. گرگین در مقام خود در کرمان باقی ماند. بعد از ۳ سال بلوچ‌ها با تجدید قوا بار دیگر در ۱۷۰۳ با سپاهی نیرومند به رهبری میرسمندر به متصرفات صفویان در قندهار حمله کردند. قوای میرسنمدرگروهی را که حاکم علیه او فرستاده بود شکست داد و فرمانده آن را که فرزند حاکم بود به قتل رسانید. و صفویان را مجبور به عقب‌نشینی کرد. وقتی این خبر شگفت‌انگیز به اصفهان رسید، شاه متوجه خدمات گرگین‌خان در جنگ علیه بلوچ‌ها بود، به او فرمان داد بی‌درنگ به کمک قندهار بشتابد و در عین حال او را به فرماندهی کل قوا منصوب کرد. گرگین در ماه مه ۱۷۰۴ از کرمان به قندهار عزیمت کرد و هنگامی که از دشت لوت می‌گذشت سپاهش از گرما صدمه بسیار دیدند. آن‌گاه بعد از هفت هفته طی طریق میرسمندر و بلوچ‌های تابع او را مطیع کرد. اما علی‌رغم شکست مقطعی بلوچ‌ها در جبهه شمال، کشمکش‌های آنان با صفویان ادامه داشت و در سال ۱۷۱۷ بار دیگر طوایف بلوچ نواحی بم و کرمان را غارت کردند.

سه سال بعد در ۱۷۲۰ دسته‌ای از بلوچ‌ها تا نزدیکی اصفهان پیش رفته کالاهای تجارتی را غارت کردند و هم بازرگانان را به اسارت بردند. در این سال هم بلوچ‌ها کل جنوب و جنوب‌شرق ایران را از بم و کرمان گرفته تا بندر گمبرون و سمار را متصرف شده بودند. این زدوخوردها ادامه داشت تا در سال ۱۱۳۳ ﻫ. ق برابر با ۱۷۲۱ بلوچ‌ها به رهبری عبدالله‌خان با افغان‌ها متحد شدند و طومار سلطنت صفویان را درهم پیچیدند.